Kościołowi zależało też na odzyskaniu wyznawców, utraconych na rzecz innych obozów religijnych. Kontrreformację zapoczątkował sobór trydencki (1545-1563). W Polsce wzmożenie tendencji kontrreformatorskich nastąpiło od momentu objęcia władzy przez Zygmunta III Wazę.
Zakonem, który miał przejąć na siebie ciężar walki z reformacją, byli (istniejący od 1534 r.) jezuici. Polska kontrreformacja cechowała się stopniowym zmniejszaniem tolerancji religijnej.
Systematycznie odsuwano innowierców od urzędów państwowych, ograniczano ich prawa obywatelskie oraz wypędzano z kraju i konfiskowano majątki. Na początku XVII w. władze kościelne ogłosiły indeks ksiąg zakazanych.
Szkolnictwo wszelkiego stopnia przeszło w ręce jezuitów, którzy rozwijać zaczęli naukę bezpłatną i wprowadzać reformy w nauczaniu. Uczą łaciny, religii, retoryki, odrzucają natomiast nauki niechrześcijańskie.
Ingerują w życie religijne oraz prywatne. Jednym z najaktywniejszych jezuitów był Piotr Skarga. W swoich pismach, kazaniach i żywotach świętych stawał całkowicie po stronie kontrreformacji.
Zobacz też : Jan Andrzej Morsztyn - biografia
Przyczynił się do odrzucenia ustawy o tolerancji religijnej, co spowodowało wybuch rokoszu Zebrzydowskiego. Ostro zwalczał arian. Kościół walczył z innowiercami za pomocą różnych środków: wyzyskiwał ambonę i wspaniałe uroczystości religijne, teatr, prasę.
W 1658 r. sejm podjął uchwałę dającą arianom trzy lata na „dobrowolne nawrócenie się na katolicyzm”. Później zmuszono ich do opuszczenia kraju, a dobra konfiskowano (tzw. kodeks ariański).
W 1717 r. wyszła ustawa zakazująca protestantom odprawiania publicznych nabożeństw i budowania świątyń. Cenzura kontrolowała wszystkie wydawane pisma i książki. W rezultacie w wyniku kontrreformacji spada poziom wykształcenia Polaków i ilość wydawanych dzieł.
Wiele książek zostało zniszczonych. Z czasem dochodziło do ostrzejszych wystąpień: burzono zbory, zamykano szkoły i drukarnie. Mimo tak ostrych represji wobec innowierców kontrreformacja w Polsce nie przebiega tak drastycznie, jak w innych krajach Europy.
Zobacz też : Daniel Naborowski - biografia, wiersze