Czynniki zaburzające równowagę mikrobiologiczną mogą zapoczątkować kaskadę zdarzeń, która prowadzi do zakażenia.
Ekosystem pochwy jest środowiskiem podlegającym ciągłym zmianom strukturalnym jak i składowym, a czynnikami mającymi na to wpływ są:
- wiek,
- pierwsza miesiączka,
- dany okres cyklu miesiączkowego,
- ciąża, zakażenia,
- różne formy i metody antykoncepcji,
- częstość stosunków płciowych,
- liczba partnerów seksualnych
- oraz praktyki higieniczne, między innymi irygacje czy też różne zachowania seksualne (np. strona pasywna podczas stosunku oralnego).
Stany przewlekłe (np. cukrzyca, choroby przebiegające z upośledzeniem odporności lub leczone lekami immunosupresyjnymi) czy też zakaźne (AIDS) mogą mieć wpływ na florę i na wynikające z tych zmian zakażenia dróg płciowych.
pH krwi i nasienia jest zasadowe, dlatego ich obecność może stwarzać warunki korzystne dla drobnoustrojów chorobotwórczych.
Środowisko pochwy ulega zmianom także podczas fizjologicznego cyklu miesiączkowego, tuż przed krwawieniem miesiączkowym pochwa staje się najmniej nawilżona i bardziej podatna na czynniki zewnętrzne, z lekkim przesunięciem pH w górę ze względu na spadek populacji bakterii flory naturalnej oraz wpływów hormonalnych. Z reguły jest to okres największego narażenia kobiety na zapalenie pochwy.
Praktyki higieniczne mogą odgrywać bardzo istotną rolę w zakażeniach układu moczowo-płciowego, szczególnie sposób podcierania się przez kobietę – ważne, aby odbywało się to od strony pochwy w kierunku odbytu a nie odwrotnie. Pomimo prac negujących wpływ higieny są też takie, w których odgrywa on istotną rolę.
Kolejnym elementem są irygacje pochwy. Zaburzają one równowagę środowiska na wiele sposobów poprzez: przesunięcie pH, bezpośrednie podrażnienie i wywołanie stanu zapalnego śluzówki pochwy, wypłukanie flory fizjologicznej. Kobiety wykonujące irygacje są w większym stopniu narażone na rozwinięcie waginozy bakteryjnej. Także produkty „higieny intymnej”, jak czopki, dezodoranty, płyny myjące a nawet stres mogą stanowić istotne ryzyko.
Niektóre metody antykoncepcji mogą stanowić zagrożenie dla środowiska pochwy. Badania dotyczące środków antykoncepcyjnych zawierających nonoksynol-9 wskazują na prawdopodobne działanie uszkadzające na florę pochwy i sugerują, iż może tak się dziać przy dłuższym stosowaniu. W przypadku kobiet po wystąpieniu menopauzy najczęściej występującą zmianą w układzie moczowo-płciowym jest atrofia pochwy powodowana zmianami hormonalnymi, tzn. niedoborem estrogenu. Zanikowi pochwy towarzyszy zmniejszenie ilości wydzieliny pochwowej oraz wzrost jej pH, zwraca także uwagę wybitna urazowość nabłonka. Wszystko to może przyczyniać się do wzrostu zakażeń w tej grupie kobiet.
Układ moczowo-płciowy kobiety to miejsce, w którym jedną z najważniejszych ról odgrywają bakterie flory naturalnej i substancje przez nie wytwarzane.