Pochwa stanowi bardzo złożone środowisko, gdzie utrzymanie równowagi mikrobiologicznej warunkuje bardzo wiele czynników. Stwierdzono, że środowisko pochwy kontrolują obecne w nim drobnoustroje a z kolei te kontrolują środowisko pochwy. Jest bardzo wiele czynników kształtujących równowagę pochwy, wiele z nich nie zbadanych, poniżej wyszczególniono większość z nich.
Środowisko pochwy ma określoną temperaturę, zazwyczaj odpowiadającą temperaturze wnętrza ciała ok. 37°C lub nieco wyższą (dolna granica: 36°C, górna granica: 37,5°C). Pochwa jest zwilżana przez wydzielinę fizjologiczną pochodzącą: z gruczołów błony śluzowej macicy i jajowodów, przesięku i złuszczonych komórek ściany pochwy, ze śluzu szyjkowego oraz gruczołów przedsionkowych większych (Bartholina) i mniejszych (Skenego).
W zależności od fazy cyklu miesiączkowego, pod wpływem działania hormonów, wydzielina pochwy zmienia swoje właściwości. Może być gęsta lub wodnista, koloru białego, kremowego lub być przejrzysta. Jej ilość zwiększa się w okresie okołoowulacyjnym i dziennie może wynosić nawet 30 ml (objętość 2 łyżek stołowych), chciaż bardzo często jej nadmiar towarzyszy zakażeniu. Odczyn prawidłowej wydzieliny jest kwaśny w wyniku działania pałeczek kwasu mlekowego, co powoduje jej specyficzny zapach, nieco stęchły po rozkładzie. Prawidłowe pH to 3,8-4.2 a zakres norm od 3,5 do 4,5. Wydzielina po wyschnięciu może mieć odcień żółtawy pomimo braku zakażenia. Fizjologiczna wilgotność pochwy może być mniejsza przed menarche, może także ulec zmniejszeniu w okresie pomenopauzalnym.
Wreszcie czynnik, który jest bardzo często pomijany przez lekarzy klinicystów – czyli obecność „korzystnych” bakterii komensalnych. W wielu badaniach wykazano, że pałeczki kwasu mlekowego stanowią w 96% prawidłową mikroflorę pochwy kobiet w okresie rozrodczym. To właśnie te bakterie i ich produkty – kwas mlekowy, nadtlenek wodoru, acydolina, acydolfilina, laktocydyna oraz bakteriocyna, jak i inne bakterie, warunkują prawidłowy ekosystem pochwy, stymulowany działaniem estrogenów. Innymi bakteriami mającymi zapewne wkład w równowagę ekosystemu, lecz izolowanymi z pochwy w mniejszych ilościach, są bakterie gatunków Staphylococcus, Corynebacterium, Streptococcus, Peptostreptococcus, Gardnerella, Bacteroides, Bifidobacterium, Enterococcus, Escherichia, Veillonella oraz Mycoplasma, Ureaplasma i grzyby z rodzaju Candida.
