U zdrowej kobiety flora bakteryjna składa się z pałeczek kwasu mlekowego oraz innych bakterii powszechnie uznawanych za chorobotwórcze (gronkowiec złocisty, paciorkowce, i.td). Pałeczki kwasu mlekowego produkują kwas mlekowy powodujący zakwaszenie środowiska pochwy ( pH pochwy powinno mieścić się w granicach 3,8 - 4,5 ), co powoduje hamowanie namnażania się innych bakterii. U około 20% całkowicie zdrowych kobiet w wydzielinie pochwy znajdują się również grzyby. W sprzyjających dla nich warunkach powodują one objawy infekcji.
Bezobjawowe nosicielstwo oraz grzybica pochwy są u kobiet ciężarnych zjawiskiem częstym. Infekcja układu płciowego wydaje się być najpoważniejszą przyczyną przedwczesnego pęknięcia pęcherza płodowego, choć nie ma na ten temat dokladnych danych.
Płyn owodniowy jest naturalnym środowiskiem, w którym żyje i rozwija się płód. Razem z błonami płodowymi stanowi on barierę oddzielającą jałowe środowisko w którym żyje płód od zkolonizowanych drobnoustrojami dróg rodnych matki. Przerwanie ciągłości błon płodowych prowadzić może do migracji bakterii i grzybów do wnętrza płynu owodniowego.